2019年10月8日 星期二

[學習]2019.10.07學習進度


上周討論
1.        寫作原則
l  人工智慧簡介應先概括介紹[大結構],之後針對各個名詞做解釋[各分項],段落與段落之間應銜接(top-down)。
l  說明方法應將電機相關知識與生物科學連結,確保說明的面向可同時包含生物科學與電機之觀點。
2.        寫作課參與者可獲得之學習目的:製作寫作原則checklist,確認自己的checklist之通用性。
本周欲討論之議題
1.        人工智慧、機器學習、深度學習之概念釐清:
l  撰寫之內容是否與老師所認知的概念相似?
2.        寫作之checklist
[整體通用]
l  主題句、主旨是否明確,主題句與結論句是否前後呼應。
l  前一段落之結論句是否與下一段落之主題句/主旨呼應。
l  各段落不超過8
[前言][方法][結果][結論]待補充

2019年9月3日 星期二

[學習]2019.09.03本周任務及進度回報

本周任務
一、  製作9/6衛福部研討會之PPTCOWMEM)及海報(iSAT
(1)   COWMEMPPT完成PPT及預報
(2)   iSAT之海報完成且已送印
二、  選課:選上生物統計學二
三、  亞大論文獎勵之申請:已登錄完成,尚未印出申請單。
四、  本周無VISTA資料庫整理之進度

遇到之困難
一、  WM多系統模式概念釐清:釐清多系統模式中,四個系統差異為訊息收集來源的不同(聽覺及視覺),除了從環境中的刺激而來之外,也包含從長期記憶中提取及放回。

後續預計進行之任務
(1)   9/6衛服部研討會
(2)   建立ASTRAL model並比較與RFLrDNN之表現

2019年8月26日 星期一

[學習]2019.08.27欲討論之內容


本周任務
一、   VISTA資料庫
(1)   建立training機器學習Logistic regressionLr)及deep neural networkDNN)。
(2)   將資料分成train set/validation set/test set三組,分別訓練及驗證3種模型[Random ForestRF)、LrDNN]來預測90天後之MRS之分數。
(3)   使用train set訓練3種模型、validation set驗證3種模型,最後用test set繪製ROC curve。結果顯示DNN的表現最好(0.77),Lr的表現次之(0.76),RF的表現最差(0.73)。結果與Heo之研究 (Heo et al., 2019) 相同。繪製之ROC curve如下:


二、   製作9/6衛福部研討會之PPTCOWMEM)及海報(iSAT
(1)   COWMEMPPT完成大綱(有與學長討論)及部分初稿
(2)   iSAT之海報完成大綱
三、   選課:初選未選上統計,因此多選了生物統計學二

遇到之困難
一、   VISTA資料庫
(1)   建立training機器學習model時,不清楚各個modelpython code參數應該設定多少。
解決方法:先使用sklearn預設之數值,但run code時出現錯誤或結果無法完全複製Heo之研究(Heo et al., 2019)。確認該研究中是否有寫相關參數、確認code錯誤之原因並作調整。
(2)   machine learning的觀念釐清
解決方法(觀念釐清):
a.    over fitting(過度契合)是指匯入的training data過度契合訓練出來的model,主詞及受詞為modeltraining data,而非testing data。所以才會造成testing data匯入model時,產生的model表現差。
b.   資料分成train set/validation set/test set三組時,應使用train set訓練及調整模型、validation set驗證及選擇模型,最後使用test set確認模型之表現。理論上驗證模型與確認模型之模型表現結果不會差太多。切勿使用testing data調整模型。
二、   製作COWMEM研討會之PPT
(1)   PPT中關於工作記憶之定義、整體呈現之rationale及資料呈現之取捨有問題時皆找恭宏學長釐清。

後續預計進行之任務
(1)   建立ASTRAL model並比較與RFLrDNN之表現
(2)   8/28送印iSAT計畫之海報
(3)   8/30前找恭宏學長試報COWMEM計畫之PPT

參考資料
1.     Heo, J., Yoon, J. G., Park, H., Kim, Y. D., Nam, H. S., & Heo, J. H. (2019). Machine Learning-Based Model for Prediction of Outcomes in Acute Stroke. Stroke, 50(5), 1263-1265. doi:10.1161/strokeaha.118.024293


2019年8月19日 星期一

[學習]2019.08.20欲討論之內容


本周任務為
(1)  VISTA資料庫中選出ASTRAL使用到的之變項(共10個),轉換單位不統一之變項後處理缺失值。
(2)  建立training機器學習model 1(random forest)及繪製ROC curve。結果顯示model 1的表現為0.99,繪製之ROC curve如下:

(3)  將資料分成train set/validation set/test set三組,並呈現描述性統計、各預測變項與結果變項之相關性。

2019年8月14日 星期三

[學習]2019.08.13討論整理及口語表達問題檢討


口語表達問題檢討

1.     表達原則:重點越早呈現、越清楚越好
2.     結構化格式:任務內容→任務目的→過程→結果→解決方法(包含前因後果)
3.     討論前一天前將本周要討論之議題依照上述之結構PO部落格

2019年7月30日 星期二

[VISTA]20190730


VISTA資料處理:

目的:
1.    熟悉用Python整理資料
2.    Python使用machine learning的分析模型預測中風患者的預後的效果,並與傳統的迴歸分析的效能做比較

目前遇到的困難及處理:
1.    missing data刪掉,第一次刪除missing data時,還是會有一些資料空白,python沒有將它刪掉。後來發現是原始資料內有空格,然後我對coding不清楚,以為空格的打法是保持空白,所以要把空白取代時,中間要有一個空格” “

2.    處理完上述過程之後,發現有些資料沒有subdomain的資料,所以在過濾missing data後,留下來的資料剩0列可使用。
3.    篩檢需要留下的變項,目前打算把subdomain刪掉,只保留NIHSSsubdomain,目前正在進行中。
4.    20190730 VISTA資料庫連接不上

[文獻閱讀]Machine Learning-Based Model for Prediction of Outcomes in Acute Stroke.


研究目的:
比較不同分析模型預測急性中風患者long-term outcome之間的差異。本研究使用machine learning (ML)的運算模型,希望能提升急性中風患者long-term outcome的預測能力。

方法:
本研究使用了ML的三種運算法和傳統的分析方式,比較使用ML是否會比傳統的預測模型更具效能
研究者使用了2種不同的預測模型:(1) 納入所有資料的變項;(2) 僅納入包含在ASTRAL量表中的6個變項。此兩種預測模型利用ML的三種運算法:(1) deep neural network; (2)random forest; (3)regressionASTRAL量表的預測模型做比較。

結果:
結果顯示在納入所有變項的預測模型中,deep neural network的分析法比其他兩種運算法及ASTRAL量表能更有效預測急性中風患者得預後。由ROC curve的圖形來看,ROC曲線下的面積,deep neural networkASTRAL量表更具預測能力,並達到統計顯著[0.888 for deep neural network; 0.839 for ASTRAL scale]。然而,random forestregression的運算法雖然比ASTRAL量表有較好的預測能力,但未達統計顯著[0.857 for random forest; 0.849 for logistic regression]
在納入6個變項的預測模型中,3ML運算法雖然都比ASTRAL量表有稍好的預測能力,但皆未達統計顯著[0.853 for deep neural network; 0.828 for random forest; 0.846 for logistic regression]

討論:
本研究發現使用ML運算法相較ASTRAL量表,更能提升預測急性中風患者long-term outcome的預測能力。三種運算法中,deep neural network的預測效能在納入所有變項及6ASTRAL的變項時,顯著比其他兩種運算法及ASTRAL更好。所以deep neural network可能是最適合來預測long-term outcome的運算法。

限制:
本研究為單一機構收案,所使用的變項是該機構所使用的評估變項。研究結果可能受到不同機構使用不同評估變項影響。





2019年7月23日 星期二

[AI]20190723彙整


Artificial Intelligence, machine learning, neural network, deep learning概念釐清:

Artificial Intelligence, machine learning, neural network, deep learning之間的關係




machine learning
機器學習(machine learning)是指設計及分析讓電腦可自動學習之演算法。其原理為模仿人類學習的方式,透過使用資料或輸入以往的經驗,取出特徵或經過計算處理後得到有意義的技巧,以最佳化電腦程式的運算效能,並提升其表現。
(此寫法我覺得仍太過籠統,可能要再說明的更具體)


But what is a Neural Network? | Deep learning
Summary:
This video talks about neural network, including what the structure consists of and how the neural network works. It used visualized images to make the neural network easy to understand, just like a human’s brain. The process of recognizing things is built on a neural network. For example, if we want to recognize a digit, we should break one picture into many parts. Each part will be seen as a neuron, and all the neurons will make up the first layer. The hidden layers involve complicated processes and in the end the layers will output the correct digit in the end.

Neural network breaks the complicated process into many layers to recognize part of the digit (or function), then combines all the part into a digit (or outcome) to give us a final answer. The methodology uses a regression model: each neuron has a weight and bias to control the outcome within a range. Then if we input an image (or data), the network will recognize and give us an answer.







2019年7月22日 星期一

[python學習]20190624-20190717學習紀錄

目前缺乏實際練習:(挑之後較常用的部分)
1. list, dictionary邏輯及其函數之應用
2. for/while迴圈
3. try/except
4. numpy的應用

2019年6月27日 星期四

2019.07~09月請假時間

擬請下列時段:

7/12,家族外出
7/18~7/19,家族外出
7/26,家族外出
9/2~9/5,出國旅遊

共計8日

2019年2月1日 星期五

2018.09.20~2019.02.01總整理(20190201持續更新)


英文
準備英文口頭報告SOP
l   理解並掌握欲報告之主要概念
l   報告前撰寫講稿,並且給LYNN確認英文文法
l   PPT製作時呈現重點,可使用圖表輔助講解
困難及問題(藍色)/解決方法(橘紅色)
l   理解概念需要先將英文翻成中文,之後再將理解之中文翻回英文確認意思。可嘗試看完文獻後直接用英文寫出本段重點,之後再彙整每段之重點。
l   沒有撰寫講稿之習慣,或事前未規劃足夠之時間準備。養成每周以英文簡短彙整一篇文獻 (前言部分)
l   準備PPT時(以文獻報告為例),會習慣將該文獻之第一段每一段落都做成一張PPT應該先將概念理解之後,重新排列組合,以凸顯重點。
寫作自我檢核
整體
l   前後是否呼應
l   主題、研究目的、內文是否呼應
l   如果自己不確定是否有寫好(如重要性),可先檢查自己那些文字有提到
段落層級
l   主題句是否凸顯主旨、段落主題
l   是否有結論句
l   結論句是否與之前過多重覆
l   是否包含過多意思相近之名詞
句子層級
l   主詞、動詞是否明確

閱讀文章
單字無法藉由查字典理解
l   整本書/文章前後文是否有提過,或是否有該文字之定義
l   找該作者其他相關文獻之解釋,或其他該領域之學者如何解釋
l   不確定之段落不要自行腦補解釋,應根據白紙黑字理解

分析方法
SPSS統計分析SOP
l   前置:點確定之前都先點"貼上之後",保留語法
l   確認資料是否有遺漏
l   確認資料之正確性/完整性 (頻率分析)-天花板/地板效應
l   確認資料之分配型態 (描述性統計)-Mean/SD/偏態/峰度
l   遺漏值之補救(是否插補與老師/團隊討論,基本不插補)
l   再測信度(兩兩跑ICC,記得設定ICC model)
l   如果有再測,pool所有評估的時間,然後算MD/SD(SD只能EXCEL彙整之後求出)
l   pair t-testdifference of MDSD及顯著等級
l   SEM/MDC/effect size之計算(EXCEL寫公式求出)
l   確認誤差異質性 (資料點絕對值後計算相關係數)
l   同時效度/收斂效度/生態效度 (評估工具之間之相關係數)
l   確認重點指標 (表格呈現時之取捨)

概念釐清
1.      評估工具測量到之概念無共識/目前研究對於某一概念無共識(如ToM
l   彙整目前研究常用之概念為何
l   該研究領域主要研究者寫出來之概念為何
2.      欲分析之項目過多如何判斷?
l   作者採用之計分方法
l   確認標準計分方式
l   確認目前常用之計分方式

 自己應該還有更多不足之部分,想到的話會再更新