[定期任務追蹤]20211020目前任務整理及進度

目前任務整理及進度：

寫作相關：

•  ABC-ML稿件：修改上週寫作課討論後的內容（固定討論時找老師討論上次討論過的方法修改後的部分）
•  職能治療學會研討會口頭報告（題目為AI-STREAM，預計從下次寫作課開始撰寫及討論）

其他欲處理事項：

•  桃療預算撰寫公文（撰寫電子公文中。目前初稿已完成並寄給桃療主計，確認是否有遺漏之處。預計本週一個下午或晚上前往桃療完成電子公文並送出）
•  Google Workspace 共用資料夾之檔案搬移處理中（已完成中風AI之檔案搬移，其他共用資料夾待處理中）
•  安排介紹研究室發展之認知與社會認知相關評估工具（目前已與SCL學長及YJS確認手上之評估工具，預計分工為：SCL學長負責社會認知之評估工具，我與YJS負責認知功能評估工具）
•  職能治療學會研討會報名（目前尚未收到通知）
•  已報文具印刷費，跑流程中
•  幫HYL檢查論文格式
•  Google Workspace聯絡醫學院網管處理

其他課程相關（被教學方）：

1. 智慧醫療程式設計

• 內容為目前已經學會的東西，不過課程中有教授一些學資工的人的習慣，這些習慣有些可有效簡化程式的複雜度，並且這堂課也著重在訓練讓程式可實現之邏輯思考，這讓我更能優化目前我所撰寫的程式。
• 作業是目前三堂課中，最能從容應對的。

2. DLCV

• 本週二上課結束後找助教討論作業0，發現目前修的兩堂課程之兩位教授的實驗室多使用Pytorch，因此可能要惡補Pytorch。

3. 機器學習

• 第二次的作業雖然有提供部分內容，不過開始需要自己憑著上課教授之公式手刻模型，因此目前正在努力中。
• 發現後面的作業會變成每週派一次，如果前面的作業趕不上的話，會影響到後面的作業的時間。因此我擬這兩天可以把作業的進度稍微趕上一些。

收案相關：

• 桃療AI-DVT：目前剩下工作坊的個案尚未收案，但也因疫情關係，僅部分個案返回工作崗位，預計十月前看個案是否回到工作崗位，再進行收案。
• 桃療認知AI收案：IRB已通過，可收案。
• 榮總中風收案：IRB持續審查已通過，到明年都可收案。
• 台大認知AI收案：目前我已打完第二劑，因為收案只需要一人即可完成，因此目前應可收案，但是要確認可以的時間。
• 台大中風AI收案：目前我已打完第二劑，但收案只需要二人，需要再請等一位助理打第二劑後，應可收案。

IRB相關：

• 台大IRB
  • 小兒AI變更案9（追蹤）

AI分析相關：

• AI-DVT收案
  • 分割AI-DVT為小片段（進行中）
  • 後續分析及結案報告撰寫規劃（目前先將影片分析出來，之後再進行處理）
•  中風AI之後之資料處理（暫緩）：
  •   以一小段影片測試影片畫面切割及流程順序是否影響影片品質（執行人員：PCL，預計6/2開始執行）。
  •  查找影片處理之相關技術如何實現（執行人員：PCL，搜尋是否有其他人有相關經驗）
  •  以程式語言剪輯影片，將各動作切成小影片片段（預計執行人員：PCL，可先撰寫code，使用現成之檔案測試，預計6/2後進行）。
  •  切割完畢後分類各個影片，並以codename的方式標記每個動作，使每個影片都有固定之檔案名稱，以利之後進行自動化分析。（預計執行人員：PCL，於剪輯影片時完成，設計對應之規則以利自動化，預計6/2後進行）
  •  確認於Python開啟powershell並執行之方法，原理：用Python開啟powershell，然後再讓powershell讀取我們寫好的檔案。（執行人員：PCL，需要查找相關資料及執行方法）
  •  判斷個案患側，以確認個案於畫面中之位置（執行人員：PCL，可先寫code）

Python課程相關（教學方）：

•  目前WJS之Python課程：以練習發展短版測驗之目的為修習方向，目前給予一筆SIS之模擬資料，並請WJS練習使用Sklearn之套件分析，下週依據模型訓練出來的結果作討論。

IRB及收案人數追蹤及統計：

AI收案人數彙整：(2021/8/27)

機構 & 計畫	收案人員	完成第一次施測	完成第二次施測	流失人數	總計
台大/中風AI	YTC、PCL	19	-	4(影片遺失*)	15
榮總/中風AI	YTC、PCL	4	-	0	4
台大/認知AI	尚未開始收案	-	-	-	-
桃療/AI-DVT	YTC（第一次）、 PCL（第二次）	97	81	9（出院）+2（拒絕）	81
桃療/認知AI	尚未開始收案	-	-	-	-

＊4位影片檔遺失之個案目前仍在尋找是否可能存於舊電腦中

IRB追蹤：(2021/10/20)

機構	計劃案名稱	IRB狀態	負責人	下一階段
台大	發展人工智慧於中風患 者及發展遲緩兒童之動 作、注意力以及情緒評估系統	持續審查、變更案 送審中	PCL＊	變更案9追蹤中
台大	發展中風患者動作、平 衡及行走能力之人工智慧評估系統	變更案 通過	PCL＊	-
台大	應用於思覺失調症患者 之人工智慧認知評估系 統之發展及驗證	新案通過	PCL＊	待收案，目前缺收案人員前往收案
榮總	發展中風患者動作、平 衡及行走能力之人工智慧評估系統	變更案通過	YCC＊	準備進行持續審查，已將所需文件準備好給YCC，待YCC通知
凱旋	思覺失調症同步二階層 認知功能篩檢＆AICS 發展	新案送審中	YCC＊	暫緩，待目前凱旋之計畫結束後再討論
桃療	發展人工智慧輔助之 持續性注意力測驗	新案通過	YCC＊	已開始收案
桃療	應用於思覺失調症患者 之人工智慧認知評估系統之發展及驗證	新案送審中	PCL＊	第一次回覆送出，待追蹤

＊YJS: Yun Jer Shieh; PCL: Pei Chi Li; YTC: Yu Tzu Chen; YCC: Yu Chien Chang

[定期任務追蹤]目前任務整理及進度（20211013更新）

目前任務整理及進度：

寫作相關：

•  ABC-ML稿件：本週寫作課1014討論結果的部分（固定討論時找老師討論上次討論過的方法修改後的部分）
•  職能治療學會研討會口頭報告（題目為AI-STREAM，預計從下次寫作課開始撰寫及討論）

其他課程相關（被教學方）：

1. DLCV

• 上週五雖然順利交出作業，但我認為我可能要花更多時間課前預習，課後複習。
• 本堂課主旨在於將深度學習的方法應用於電腦視覺，所以不會限制作業不可以使用目前現有之套件，這對我來說會輕鬆一點。

2. 機器學習

• 上週五派出第一份作業，但是老師要求以助教提供的code去改寫，所以需要花費較多時間去理解如何將這些方法呈現出來。幸好第一週要求的作業是線性模型，較簡單。可以使用老師上課交的數學式呈現出模型。

收案相關：

• 桃療AI-DVT：目前剩下工作坊的個案尚未收案，但也因疫情關係，僅部分個案返回工作崗位，預計十月前看個案是否回到工作崗位，再進行收案。
• 桃療認知AI收案：IRB已通過，可收案。
• 榮總中風收案：IRB持續審查已通過，到明年都可收案。
• 台大認知AI收案：目前我已打完第二劑，因為收案只需要一人即可完成，因此目前應可收案，但是要確認可以的時間。
• 台大中風AI收案：目前我已打完第二劑，但收案只需要二人，需要再請等一位助理打第二劑後，應可收案。

IRB相關：

• 台大IRB
  • 小兒AI變更案9（依據行政審查建議修改中）
  • 小兒AI新案（待CYH老師獲得台大醫院帳號後申請，已轉給CYH老師之助理處理）
• 榮總IRB後續處理（追蹤）

AI分析相關：

• AI-DVT收案
  • 分割AI-DVT為小片段（進行中）
  • 後續分析及結案報告撰寫規劃（目前先將影片分析出來，之後再進行處理）
•  中風AI之後之資料處理（暫緩）：
  •   以一小段影片測試影片畫面切割及流程順序是否影響影片品質（執行人員：PCL，預計6/2開始執行）。
  •  查找影片處理之相關技術如何實現（執行人員：PCL，搜尋是否有其他人有相關經驗）
  •  以程式語言剪輯影片，將各動作切成小影片片段（預計執行人員：PCL，可先撰寫code，使用現成之檔案測試，預計6/2後進行）。
  •  切割完畢後分類各個影片，並以codename的方式標記每個動作，使每個影片都有固定之檔案名稱，以利之後進行自動化分析。（預計執行人員：PCL，於剪輯影片時完成，設計對應之規則以利自動化，預計6/2後進行）
  •  確認於Python開啟powershell並執行之方法，原理：用Python開啟powershell，然後再讓powershell讀取我們寫好的檔案。（執行人員：PCL，需要查找相關資料及執行方法）
  •  判斷個案患側，以確認個案於畫面中之位置（執行人員：PCL，可先寫code）

其他欲處理事項：

•  桃療預算撰寫公文（目前已經估算出電腦鍵入費的預算，因此撰寫公文結束後會給唐主任看過後再送公文）
•  確認預算可用金額後，進行報帳
•  協助桃療治療師進行海報投稿
•  幫HYL檢查論文格式
•  Google Workspace聯絡醫學院網管處理（目前醫學院網管已通知設定完成，聯絡Google Workspace經銷商進行購買及詢問相關設定）

Python課程相關（教學方）：

•  目前WJS之Python課程：以練習發展短版測驗之目的為修習方向，目前給予一筆SIS之模擬資料，並請WJS練習使用Sklearn之套件分析，下週依據模型訓練出來的結果作討論。

IRB及收案人數追蹤及統計：

AI收案人數彙整：(2021/8/27)

機構 & 計畫	收案人員	完成第一次施測	完成第二次施測	流失人數	總計
台大/中風AI	YTC、PCL	19	-	4(影片遺失*)	15
榮總/中風AI	YTC、PCL	4	-	0	4
台大/認知AI	尚未開始收案	-	-	-	-
桃療/AI-DVT	YTC（第一次）、 PCL（第二次）	97	81	9（出院）+2（拒絕）	81
桃療/認知AI	尚未開始收案	-	-	-	-

＊4位影片檔遺失之個案目前仍在尋找是否可能存於舊電腦中

IRB追蹤：(2021/8/12)

機構	計劃案名稱	IRB狀態	負責人	下一階段
台大	發展人工智慧於中風患 者及發展遲緩兒童之動 作、注意力以及情緒評估系統	持續審查、變更案 送審中	PCL＊	變更案9送出，追蹤中
台大	發展中風患者動作、平 衡及行走能力之人工智慧評估系統	變更案 通過	PCL＊	-
台大	應用於思覺失調症患者 之人工智慧認知評估系 統之發展及驗證	新案通過	PCL＊	待收案，目前缺收案人員前往收案
榮總	發展中風患者動作、平 衡及行走能力之人工智慧評估系統	變更案通過	YCC＊	準備進行持續審查，已將所需文件準備好給YCC，待YCC通知
凱旋	思覺失調症同步二階層 認知功能篩檢＆AICS 發展	新案送審中	YCC＊	暫緩，待目前凱旋之計畫結束後再討論
桃療	發展人工智慧輔助之 持續性注意力測驗	新案通過	YCC＊	已開始收案
桃療	應用於思覺失調症患者 之人工智慧認知評估系統之發展及驗證	新案送審中	PCL＊	第一次回覆送出，待追蹤

＊YJS: Yun Jer Shieh; PCL: Pei Chi Li; YTC: Yu Tzu Chen; YCC: Yu Chien Chang

[學習]110-1課表

目前修習3堂課程：

1. 深度學習於電腦視覺 (周二下午)
2. 智慧醫療程式設計 (周四早上)
3. 機器學習 (周五早上)

第1～2週上課心得

1. 深度學習於電腦視覺：
   • 第一堂課要求要做作業，雖然有提供上學期上課的影片，但是內容是目前我沒有繼續深入研究的，所以可能需要更多時間把這塊空缺補起來。
   • 比較令人欣慰的是幸好教的數學在碩士班已經先學過了，所以以現在的狀況比較容易吸收。
2. 智慧醫療程式設計：
   • 本來就是已經學過的東西，所以其實只是系統性的複習。
   • 讓我可以學習的地方是老師的練習題給的很活用，也很任務導向。我認為這塊可以去改善之前我的教學，並補上一些更任務導向的練習題。
3. 機器學習：
   • 難度我認為與「深度學習於電腦視覺」不相上下，所以我預測這學期可能要花很多時間在這兩堂課程上，有點擔心...

[機器學習]AI-DVT資料後續處理

AI-DVT分析

目前的情況

關於AI-DVT，目前的情況如下。
檢查資料的過程中，我認為應該可以使用眼睛的部分跟嘴巴的部分當作判斷依據
但是我剛剛有發現一些錯誤，詳細如下：

1. 眼睛的部分因為個案一開始的時候可能不熟悉，所以有些個案會先看鍵盤再作答，而這樣的動作可能會影響判斷
2. 嘴巴的部分，是我在評估時，有些個案會邊做邊講話，而依據我的理解，這個動作應屬於分心的動作，且Openpose可判斷出來
   但是我覺得這樣的數據仍然太少，依照目前的拍攝方法，Openpose好像沒有辦法抓到受測者的肢體動作。

與GHL學長討論的結果，目前我預計先只抓取眼睛（36～47、68、69）跟嘴巴（48～66）的數據當作分析資料，其他資料不納入分析。
詳細標記點如下圖所示。

目前遇到之困難

1. Colab一天大概只能分析完一位個案（目前約分析完8位個案）
   • 與GHL學長討論的結果，我們認為可以先將目前個案的影片以Python的套件裁剪成固定秒數的小影片，從中選取欲分析的影片，然後使用Openpose進行分析。這樣可有效減少欲分析的影片量。
   • 另一個解法是購買colab pro（每個月約台幣300元），可使分析任務更順利。
2. AI-DVT的分析方法
   • 應使用之前所學，尚未進行練習的LSTM模型，以解決以影片當作輸入層的問題。
   • 之前中風AI使用的方法是畫面當作輸入層，這可能導致模型訓練結果雖然有良好的模型分數，但是類化程度很差。