2023年4月20日 星期四

Bland-Altman法(by ChatGPT)

定義:

Bland-Altman法(又稱為Bland-Altman圖或差異圖)是一種統計方法,用於評估兩種不同的測量方法之間的一致性和協定。該方法由J. Martin Bland和Douglas G. Altman於1986年提出,用於解決兩種方法的對比問題,尤其是在醫學和生物統計學中。

Bland-Altman圖用於繪製兩個測量方法的差值(Y軸)與兩者平均值(X軸)之間的散點圖。通過這個圖,我們可以觀察到兩種方法之間的偏差(bias)和95%的一致性限(limits of agreement)。偏差是兩個測量方法之間的平均差異,而一致性限是兩者之間可能的最大差異範圍,這意味著95%的數據應該落在這個範圍內。

總之,Bland-Altman法是一種用於評估兩個測量方法一致性的實用工具。通過分析Bland-Altman圖,我們可以了解兩種方法之間的偏差和一致性,以判斷它們是否可以互換使用。


舉例:

假設您正在研究一個用於測量血壓的新型設備(方法A),並想將其與傳統的血壓測量方法(方法B)進行比較。為了進行比較,您對同一組患者使用這兩種方法進行血壓測量。

您的數據可能如下所示:

患者方法A方法B
1120118
2135140
3110108
4130125

為了使用Bland-Altman方法,您需要計算每對測量值之間的差異和平均值。例如,第一位患者的差異為120-118=2,平均值為(120+118)/2=119。計算所有患者的差異和平均值後,您將獲得以下數據:

患者差異(A-B)平均值((A+B)/2)
12119
2-5137.5
32109
45127.5

接下來,根據這些數據,您將繪製Bland-Altman圖。X軸表示平均值,Y軸表示差異。散點圖顯示這些點的分布情況。然後,計算差異的平均值(bias)和一致性限。在這個例子中,bias = (2 + (-5) + 2 + 5)/4 = 1。一致性限通常為bias±1.96倍標準差。

通過觀察Bland-Altman圖,您可以判斷新方法(方法A)與傳統方法(方法B)之間的一致性。如果散點分布均勻,並且大部分點(95%)位於一致性限內,則兩種方法可以認為具有足夠的一致性。然而,如果點的分布顯示系統性偏差或大量點超出一致性限,則兩者之間可能存在顯著差異。

2022年6月22日 星期三

東穎討論心得

  • 討論前應準備之事項:
    1. 欲討論之段落,約1~2段
    2. 與高手確認該段落之概念是否描述清楚。因為我無法直接使用英文撰寫,所以我目前的方法為先用中文撰寫,後在使用英文撰寫。
    3. 先使用基本寫作原則自我檢核每個段落是否有包含主題句及結論句,並且確認主題句中是否包含主旨。
    4. 使用文法檢核之網站確認撰寫之段落文法是否正確。
    5. 目前我以撰寫短的句子為主。
  • 討論時主要學到的東西:
    1. 可詢問東穎閱讀完該句子或段落後他所理解的意思,以確認撰寫之文字內容是否為欲表達之內容。
    2. 若撰寫之文字內容與自己欲表達之內容有出入,則可與東穎討論較完整之表達方式。
    3. 東穎會提供同義字或多種寫法,可做為參考。可於不違背「關鍵詞彙前後應一致」之原則使用同義字。
    4. 可練習英文句子分析能力,若撰寫較長的句子時,也可詢問東穎是否有較為簡潔的寫法。
    5. 可增加常用於論文之英文單字。避免於論文中使用過於口語之單字。
    6. 若文句與寫作原則互相衝突,則可詢問在不違背寫作原則的情況下,是否有其他寫法可使用。

2021年11月29日 星期一

[定期任務追蹤]20211129目前任務整理及進度

目前任務整理及進度:

寫作相關:

  •  ABC-ML稿件:撰寫討論(前次寫作課撰寫三段,各段落之主旨宜再更明確)
  •  職能治療學會研討會口頭報告(題目為AI-STREAM,11/20)
  •  寫作課報告(11/23)

其他欲處理事項:

  •  桃療預算撰寫公文(11/19提出收支明細,11/22完成所有銷帳文件)
  •  台大認知AI持續審查(11/24完成第二次送件,追蹤中)
  •  玉里醫院IRB
  •  結案報告(11/28完成電子檔並寄出)

其他課程相關(被教學方):

1. 智慧醫療程式設計
  • 期中考分數83,已訂正並確認自己會不會的地方
2. 機器學習
  • 期末考考古題已釋出,可以開始準備了

收案規劃:

  • JYW預計可開始收案日期:11/24
  • 收案人員:PCL、JYW
  • 認知AI:
    • 台大:IRB持續審查進行中(12/22前完成,持續審查已送出,一併修改為多中心),先完成持續審查之後進行變更。預計可收個案約30人,預計11/25~12/31完成收案。
    • 桃療: IRB已通過, 收案人員1人。預計台大收案完成後進行收案。(暫定12/31~1/20)
    • 玉里:使用台大的IRB改成多中心後,送玉里之簡易審查(可免進入會期),IRB預計12/22前完成持續及變更。目前處理中。預計收案日期為1/20之後(第一學期結束後)。確認需要治療師的名字或其他資料。
  • 中風AI:
    • 台大:11/25前先與其他團隊詢問是否有適合之個案名單,或請臨床治療師轉介個案(傳名單)。此部分與謝昀哲討論分工。
    • 北護:修改台大IRB增加收案地點後,再去北護確認可收案的地點。目前進度為

IRB相關:

  • 認知AI持續審查(處理中)
  • 中風AI變更案(目前寄信給北護韓主任,追蹤中)

AI分析相關:

  • AI-DVT收案
    • 分割AI-DVT為小片段(進行中
    • 後續分析及結案報告撰寫規劃(目前先將影片分析出來,之後再進行處理)
  •  中風AI之後之資料處理(暫緩):
    •   以一小段影片測試影片畫面切割及流程順序是否影響影片品質(執行人員:PCL,預計6/2開始執行)。
    •  查找影片處理之相關技術如何實現(執行人員:PCL,搜尋是否有其他人有相關經驗)
    •  以程式語言剪輯影片,將各動作切成小影片片段(預計執行人員:PCL,可先撰寫code,使用現成之檔案測試,預計6/2後進行)。
    •  切割完畢後分類各個影片,並以codename的方式標記每個動作,使每個影片都有固定之檔案名稱,以利之後進行自動化分析。(預計執行人員:PCL,於剪輯影片時完成,設計對應之規則以利自動化,預計6/2後進行)
    •  確認於Python開啟powershell並執行之方法,原理:用Python開啟powershell,然後再讓powershell讀取我們寫好的檔案。(執行人員:PCL,需要查找相關資料及執行方法)
    •  判斷個案患側,以確認個案於畫面中之位置(執行人員:PCL,可先寫code)

Python課程相關(教學方):

  •  目前WJS之Python課程:因本周我的時間沒辦法配合,因此請WJS將上次作業交給我,批改後給予建議,並預計提供本周預計上的內容之錄影檔。

IRB及收案人數追蹤及統計:

AI收案人數彙整:(2021/11/29)

機構 & 計畫收案人員完成第一次施測完成第二次施測流失人數總計
台大/中風AIYTC、PCL19-4(影片遺失*)15
榮總/中風AIYTC、PCL4-04
台大/認知AI尚未開始收案----
桃療/AI-DVTYTC(第一次)、
PCL(第二次)
97859(出院)+2(拒絕)85
桃療/認知AI尚未開始收案----

*4位影片檔遺失之個案目前仍在尋找是否可能存於舊電腦中

IRB追蹤:(2021/11/29)

機構計劃案名稱IRB狀態負責人下一階段
台大發展人工智慧於中風患
者及發展遲緩兒童之動
作、注意力以及情緒評估系統
變更案通過PCL*-
台大發展中風患者動作、平
衡及行走能力之人工智慧評估系統
變更案
申請中
PCL*等待北護主任回覆
台大應用於思覺失調症患者
之人工智慧認知評估系
統之發展及驗證
持續審查
送審中
PCL*待收案,目前缺收案人員前往收案
榮總發展中風患者動作、平
衡及行走能力之人工智慧評估系統
持續審查通過YCC*-
凱旋思覺失調症同步二階層
認知功能篩檢&AICS 發展
未申請YCC*暫緩,待目前凱旋之計畫結束後再討論
桃療發展人工智慧輔助之
持續性注意力測驗
新案通過YCC*11/30前完成所有結案確認
桃療應用於思覺失調症患者
之人工智慧認知評估系統之發展及驗證
新案通過PCL*已通過

*YJS: Yun Jer Shieh; PCL: Pei Chi Li; YTC: Yu Tzu Chen; YCC: Yu Chien Chang; JYW: Jui Yu Wang

2021年11月15日 星期一

[定期任務追蹤]20211115目前任務整理及進度

目前任務整理及進度:

寫作相關:

  •  ABC-ML稿件:撰寫討論(固定討論時確定大綱)
  •  職能治療學會研討會口頭報告(題目為AI-STREAM,修改PPT中,11/20)

其他欲處理事項:

  •  桃療預算撰寫公文(11/19提出所有收支文件,11/15完成初稿給)
  •  結案報告(11/26電子檔)
  •  安排介紹研究室發展之認知與社會認知相關評估工具(11/10)

其他課程相關(被教學方):

1. 智慧醫療程式設計
  • 期中考結束,題目都可以寫的出來,預期可獲得不錯的成績
2. DLCV
  • 退選改旁聽
3. 機器學習
  • 目前主要以作業為主。數學的部分已經比較能進入狀況,能理解上課老師在教的數學的原理。最近在進行期末報告分組,已找到組員,期望能從期末報告的合作中獲得更多想法及資訊。

收案規劃:

  • JYW預計可開始收案日期:11/24
  • 收案人員:PCL、JYW
  • 認知AI:
    • 台大:IRB持續審查進行中(12/22前完成,一併修改為多中心),先完成持續審查之後進行變更。預計可收個案約30人,預計11/25~12/31完成收案。
    • 桃療: IRB已通過, 收案人員1人。預計台大收案完成後進行收案。(暫定12/31~1/20)
    • 玉里:使用台大的IRB收案,IRB預計12/22前完成持續及變更。目前處理中。預計收案日期為1/20之後(第一學期結束後)。確認需要治療師的名字或其他資料。
  • 中風AI:
    • 台大:11/25前先與其他團隊詢問是否有適合之個案名單,或請臨床治療師轉介個案(傳名單)。此部分與謝昀哲討論分工。
    • 北護:修改台大IRB變成多中心後,再去北護確認可收案的地點,再確認收案時間

IRB相關:

  • 認知AI持續審查(處理中)

AI分析相關:

  • AI-DVT收案
    • 分割AI-DVT為小片段(進行中
    • 後續分析及結案報告撰寫規劃(目前先將影片分析出來,之後再進行處理)
  •  中風AI之後之資料處理(暫緩):
    •   以一小段影片測試影片畫面切割及流程順序是否影響影片品質(執行人員:PCL,預計6/2開始執行)。
    •  查找影片處理之相關技術如何實現(執行人員:PCL,搜尋是否有其他人有相關經驗)
    •  以程式語言剪輯影片,將各動作切成小影片片段(預計執行人員:PCL,可先撰寫code,使用現成之檔案測試,預計6/2後進行)。
    •  切割完畢後分類各個影片,並以codename的方式標記每個動作,使每個影片都有固定之檔案名稱,以利之後進行自動化分析。(預計執行人員:PCL,於剪輯影片時完成,設計對應之規則以利自動化,預計6/2後進行)
    •  確認於Python開啟powershell並執行之方法,原理:用Python開啟powershell,然後再讓powershell讀取我們寫好的檔案。(執行人員:PCL,需要查找相關資料及執行方法)
    •  判斷個案患側,以確認個案於畫面中之位置(執行人員:PCL,可先寫code)

Python課程相關(教學方):

  •  目前WJS之Python課程:因期中考休息二週。

IRB及收案人數追蹤及統計:

AI收案人數彙整:(2021/8/27)

機構 & 計畫收案人員完成第一次施測完成第二次施測流失人數總計
台大/中風AIYTC、PCL19-4(影片遺失*)15
榮總/中風AIYTC、PCL4-04
台大/認知AI尚未開始收案----
桃療/AI-DVTYTC(第一次)、
PCL(第二次)
97819(出院)+2(拒絕)81
桃療/認知AI尚未開始收案----

*4位影片檔遺失之個案目前仍在尋找是否可能存於舊電腦中

IRB追蹤:(2021/10/20)

機構計劃案名稱IRB狀態負責人下一階段
台大發展人工智慧於中風患
者及發展遲緩兒童之動
作、注意力以及情緒評估系統
變更案通過PCL*-
台大發展中風患者動作、平
衡及行走能力之人工智慧評估系統
變更案
通過
PCL*-
台大應用於思覺失調症患者
之人工智慧認知評估系
統之發展及驗證
新案通過PCL*待收案,目前缺收案人員前往收案
榮總發展中風患者動作、平
衡及行走能力之人工智慧評估系統
持續審查通過YCC*-
凱旋思覺失調症同步二階層
認知功能篩檢&AICS 發展
新案送審中YCC*暫緩,待目前凱旋之計畫結束後再討論
桃療發展人工智慧輔助之
持續性注意力測驗
新案通過YCC*處理結案報告及收支明細
桃療應用於思覺失調症患者
之人工智慧認知評估系統之發展及驗證
新案通過PCL*已通過

*YJS: Yun Jer Shieh; PCL: Pei Chi Li; YTC: Yu Tzu Chen; YCC: Yu Chien Chang; JYW: Jui Yu Wang

2021年10月20日 星期三

[定期任務追蹤]20211020目前任務整理及進度

目前任務整理及進度:

寫作相關:

  •  ABC-ML稿件:修改上週寫作課討論後的內容(固定討論時找老師討論上次討論過的方法修改後的部分)
  •  職能治療學會研討會口頭報告(題目為AI-STREAM,預計從下次寫作課開始撰寫及討論)

其他欲處理事項:

  •  桃療預算撰寫公文(撰寫電子公文中。目前初稿已完成並寄給桃療主計,確認是否有遺漏之處。預計本週一個下午或晚上前往桃療完成電子公文並送出
  •  Google Workspace 共用資料夾之檔案搬移處理中(已完成中風AI之檔案搬移,其他共用資料夾待處理中
  •  安排介紹研究室發展之認知與社會認知相關評估工具(目前已與SCL學長及YJS確認手上之評估工具,預計分工為:SCL學長負責社會認知之評估工具,我與YJS負責認知功能評估工具
  •  職能治療學會研討會報名(目前尚未收到通知
  •  已報文具印刷費,跑流程中
  •  幫HYL檢查論文格式
  •  Google Workspace聯絡醫學院網管處理

其他課程相關(被教學方):

1. 智慧醫療程式設計

  • 內容為目前已經學會的東西,不過課程中有教授一些學資工的人的習慣,這些習慣有些可有效簡化程式的複雜度,並且這堂課也著重在訓練讓程式可實現之邏輯思考,這讓我更能優化目前我所撰寫的程式。
  • 作業是目前三堂課中,最能從容應對的。

2. DLCV

  • 本週二上課結束後找助教討論作業0,發現目前修的兩堂課程之兩位教授的實驗室多使用Pytorch,因此可能要惡補Pytorch。

3. 機器學習

  • 第二次的作業雖然有提供部分內容,不過開始需要自己憑著上課教授之公式手刻模型,因此目前正在努力中。
  • 發現後面的作業會變成每週派一次,如果前面的作業趕不上的話,會影響到後面的作業的時間。因此我擬這兩天可以把作業的進度稍微趕上一些。

收案相關:

  • 桃療AI-DVT:目前剩下工作坊的個案尚未收案,但也因疫情關係,僅部分個案返回工作崗位,預計十月前看個案是否回到工作崗位,再進行收案。
  • 桃療認知AI收案:IRB已通過,可收案。
  • 榮總中風收案:IRB持續審查已通過,到明年都可收案。
  • 台大認知AI收案:目前我已打完第二劑,因為收案只需要一人即可完成,因此目前應可收案,但是要確認可以的時間。
  • 台大中風AI收案:目前我已打完第二劑,但收案只需要二人,需要再請等一位助理打第二劑後,應可收案。

IRB相關:

  • 台大IRB
    • 小兒AI變更案9(追蹤)

AI分析相關:

  • AI-DVT收案
    • 分割AI-DVT為小片段(進行中
    • 後續分析及結案報告撰寫規劃(目前先將影片分析出來,之後再進行處理)
  •  中風AI之後之資料處理(暫緩):
    •   以一小段影片測試影片畫面切割及流程順序是否影響影片品質(執行人員:PCL,預計6/2開始執行)。
    •  查找影片處理之相關技術如何實現(執行人員:PCL,搜尋是否有其他人有相關經驗)
    •  以程式語言剪輯影片,將各動作切成小影片片段(預計執行人員:PCL,可先撰寫code,使用現成之檔案測試,預計6/2後進行)。
    •  切割完畢後分類各個影片,並以codename的方式標記每個動作,使每個影片都有固定之檔案名稱,以利之後進行自動化分析。(預計執行人員:PCL,於剪輯影片時完成,設計對應之規則以利自動化,預計6/2後進行)
    •  確認於Python開啟powershell並執行之方法,原理:用Python開啟powershell,然後再讓powershell讀取我們寫好的檔案。(執行人員:PCL,需要查找相關資料及執行方法)
    •  判斷個案患側,以確認個案於畫面中之位置(執行人員:PCL,可先寫code)

Python課程相關(教學方):

  •  目前WJS之Python課程:以練習發展短版測驗之目的為修習方向,目前給予一筆SIS之模擬資料,並請WJS練習使用Sklearn之套件分析,下週依據模型訓練出來的結果作討論。

IRB及收案人數追蹤及統計:

AI收案人數彙整:(2021/8/27)

機構 & 計畫收案人員完成第一次施測完成第二次施測流失人數總計
台大/中風AIYTC、PCL19-4(影片遺失*)15
榮總/中風AIYTC、PCL4-04
台大/認知AI尚未開始收案----
桃療/AI-DVTYTC(第一次)、
PCL(第二次)
97819(出院)+2(拒絕)81
桃療/認知AI尚未開始收案----

*4位影片檔遺失之個案目前仍在尋找是否可能存於舊電腦中

IRB追蹤:(2021/10/20)

機構計劃案名稱IRB狀態負責人下一階段
台大發展人工智慧於中風患
者及發展遲緩兒童之動
作、注意力以及情緒評估系統
持續審查、變更案
送審中
PCL*變更案9追蹤中
台大發展中風患者動作、平
衡及行走能力之人工智慧評估系統
變更案
通過
PCL*-
台大應用於思覺失調症患者
之人工智慧認知評估系
統之發展及驗證
新案通過PCL*待收案,目前缺收案人員前往收案
榮總發展中風患者動作、平
衡及行走能力之人工智慧評估系統
變更案通過YCC*準備進行持續審查,已將所需文件準備好給YCC,待YCC通知
凱旋思覺失調症同步二階層
認知功能篩檢&AICS 發展
新案送審中YCC*暫緩,待目前凱旋之計畫結束後再討論
桃療發展人工智慧輔助之
持續性注意力測驗
新案通過YCC*已開始收案
桃療應用於思覺失調症患者
之人工智慧認知評估系統之發展及驗證
新案送審中PCL*第一次回覆送出,待追蹤

*YJS: Yun Jer Shieh; PCL: Pei Chi Li; YTC: Yu Tzu Chen; YCC: Yu Chien Chang